Теперь одного ПЦР-теста достаточно для определения штамма коронавируса, которым заразился пациент
Британские ученые разработали метод аллель-специфической зондовой полимеразной цепной реакции, который может точно обнаруживать различные варианты или линии происхождения коронавируса SARS-CoV-2 в образцах, взятых из носоглотки. Более того, новый метод позволяет обнаруживать вирусные варианты даже в образцах с разрушенной вирусной РНК. Результаты исследования опубликованы на сервере препринтов medRxiv.org.
Золотым стандартом для обнаружения вирусных вариантов считают методы полногеномного секвенирования нового поколения (NGS). Но образцы для этих методов должны иметь хорошее качество и высокий уровень вирусной РНК. Однако пробы, взятые у пациентов на поздних стадиях COVID-19, часто содержат низкий уровень вирусной РНК. К тому же методы NGS дорогие и недоступны для массового использования.
Авторы разработали метод количественной полимеразной цепной реакции (ПЦР), который может в реальном времени обнаруживать вирусные варианты даже в образцах с низким содержанием вирусной РНК или с деградированной РНК, и проверили его в рамках клинического исследования.
Ученые использовали новый метод, который они назвали аллель-специфической зондовой ПЦР, для обнаружения вирусных вариантов в 717 образцах, взятых у пациентов, инфицированных SARS-CoV-2, в Великобритании, а также в 365 образцах из Бразилии. В первом случае они обнаружили в S-белке вируса мутацию D1118H, характерную для альфа-варианта, а во втором — мутации K417T и L3468V, свойственные гамма-варианту коронавируса.
