В первый год компания получила очень большую прибыль, и вскоре об этом узнали и другие. Конкуренты попытались отхватить свой кусок прибыльных земель, из-за чего развязалась война за территории. В частности, Pacific Egg Company вступила в конфликт с группой рыбаков, собиравших яйца на другой, менее удобной, части острова. Война длилась несколько лет, и с каждым годом стычки становились все более жестокими.
3 июня 1863 года в результате особо агрессивного инцидента три лодки с конкурентами приблизились к островам, вооруженные до зубов. Сотрудники Pacific Egg Company намекнули, что если они сойдут на остров, реакция может быть непредсказуемой. Однако те проигнорировали предупреждение, а после напали на представителей Pacific Egg Company — выстрелом в живот убили одного из них. Однако нападающие пострадали больше — пятеро были застрелены прямо в лодках, после чего им пришлось отступить.
Когда в судах стали рассматривать слишком много дел, связанных с торговлей яйцами, правительство США решило вмешаться. Pacific Egg Company получила монополию на Фараллоновы острова. Однако это не решило проблему, поскольку вскоре представители компании запретили собирать яйца и смотрителям маяка, которые жили на острове. Когда смотрители проигнорировали запрет, на них напали.
Сбор яиц New York Public Library
Все это время гигантские запасы яиц, которые когда-то были на острове, сокращались. При этом дело было не только в том, что компания массово вывозила их с острова — сотрудники в больших количествах уничтожали их просто так. В начале нового сезона по сбору яиц, они приплывали на острова и топтали все обнаруженные яйца только ради того, чтобы на следующий день собрать свежие. В период с 1849 по 1896 год в Сан-Франциско было отправлено около 14 миллионов этих яиц.
23 мая 1881 года американские военные силой вывезли сотрудников компании с островов, положив конец насилию над птицами. Однако от вымирания их спасло не это, а снижение цен на яйца. Фермеры стали производить куриные яйца в больших количествах, поэтому предпринимателям стало невыгодно каждый раз рисковать жизнью на скалистых утесах. Вдобавок вкус куриных яиц был приятнее и не отдавал рыбой.
