Выбор опции «Безопасное извлечение оборудования» оповещает операционную систему, что вы собираетесь вынуть флешку. Windows завершает все процессы, обращенные к файловой системе, а затем отключает ее.
Даже если кажется, что флешка ничем не занята (не отображается окно копирования данных), это не значит, что все рабочие процессы завершились. В это время Windows может использовать сценарий с кэшированием.
Когда информацию нужно записать на внешний диск, она записывается не сразу. Операционная система переносит файлы сначала в кэш, а потому уже копирует их на флешку — это похоже на маршрутку, которая ждет на остановке пока не наберется полный салон, прежде чем поехать.
Конечно, можно просто вынуть накопитель и маловероятно, что это приведет к потере данных или повреждению носителя. Но всегда лучше запастись терпением и перестраховаться — в этом нет ничего плохого.